Биологично разнообразие: Община Борино съхранява уникално биологично разнообразие, включващо видове, местообитания и екосистеми с консервационна значимост в национален и международен мащаб. Поради изключително богатото биологично разнообразие цялата община попада в мрежата Натура 2000.
Растения: Най-интересните установени видове са:
• Черноморска ведрица (Fritillaria pontica Wahlenb.)
• Джел (Ilex aquifolium L.)
• Балкански зановец (Chamaecytisus absinthioides (Janka)Kuzm.)
• Балканска паламида (Cirsium appendiculatum Griseb.)
• Полюлейна паламида (Cirsium candelabrum Griseb.)
• Зеленоцветен напръстник (Digitalis viridiflora Lindl.)
• Родопска горска майка (Lathraea rhodopea Dingler)
• Пърнар (Querqus coccifera)
• Бодлив залист (Ruscus aculeatus)
• Родопския силивряк (Haberelea rhodopensis)
Лечебни растения: На територията на община Борино има голямото разнообразие от лечебни растения,плодове и гъби – шапиче, балканска пищялка, горска пищялка, мечо грозде, копитник, червен кантарион, обикновен повет, дрян, обикновен глог, горска ягода, жълт кантарион, жълта иглика, обикновена хвойна, обикновен риган, малина, черна и червена боровинка, манатарка и други.
Основните билки са цвят лечебна иглика, корени и лист коприва, цвят черен бъз, лист бреза, лист малина, лист подбел, цвят бял равнец, цвят липа, плод шипка, плод офика. Лечебни растения, гъби и плодове се събират от туристите, от местното население за собствени нужди и за продаване на фирми, изкупуващи и преработващи подобни суровини в региона. Интензивността на събиране на лечебни растения е сравнително ниска.
Птици: По отношение видовия състав на орнитофауната на територията на общината са установени следните видове птици:
• Обикновено конопарче (Carduelis cannabina)
• Воден кос (Cinclus cinclus)
• Гарван (Corvus corax)
• Сива врана (Corvus corone cornix)
• Голям пъстър кълвач (Dendrocopos major)
• Черен кълвач (Dryocopus martius)
• Сойка (Garrulus glandarius)
• Червеногърба сврачка (Lanius collurio)
• Обикновена кръсточовка (Loxia curvirostra)
• Планинска стърчиопашка (Motacilla cinerea)
• Черен синигер (Parus ater)
• Син синигер (Parus caeruleus)
• Голям синигер (Parus major)
• Матовоглав синигер (Parus montanus)
• Домашна червеноопашка (Phoenicurus ochruros)
• Кос (Turdus merula)
• Обикновен мишелов (Buteo buteo)
• Щиглец (Carduelis carduelis)
• Зеленика (Carduelis chloris)
• Горска дърволазка (Certhia familiaris)
• Гривяк (Columba palumbus)
• Червеногръдка (Erithacus rubecula)
• Чинка (Fringilla coelebs)
• Южен славей (Luscinia megarhynchos)
• Сокерица (Nucifraga caryocatactes)
• Полско врабче (Passer montanus)
• Елов певец (Phylloscopus collybita)
• Зелен кълвач (Picus viridis)
• Червенушка (Pyrrhula pyrrhula)
• Червеноглаво кралче (Regulus ignicapillus)
• Жълтоглаво кралче (Regulus regulus)
• Диво канарче (Serinus serinus)
• Горска зидарка (Sitta europaea)
• Орехче (Troglodytes troglodytes)
• Белогуш дрозд (Turdus torquatus)
• Лещарка (Bonasa bonasia)
• Горски бекас (Scolopax rusticola)
Бозайници: Срещат десетки бозайници, някои от които са ловни обекти, а други имат значение за развитието на туризма. Интерес представляват и някои защитени видове. Най-често срещаните и значими бозайници са:
• Кафява мечка (Ursus arctos)
• Вълк (Canis lupus)
• Благороден елен (Cervus elaphus)
• Сърна (Capreolus capreolus)
• Дива свиня (Sus scrofa)
• Видра (Lutra lutra)
• Златка (Martes martes)
• Белка (Martes foina)
Земноводни и влечуги: В Община Борино се срещат жълтокоремна бумка (Bombina variegata), планинска жаба (Rana temporaria L.), жаба дървесница (Hylla arborea) и др.